Bumiayu juga terdapat sejumlah pondok pesantren, diantaranya :
- Pondok Pesantren Nurul Hikmah, Tegong, Jatisawit, Bumiayu
- Pondok Pesantren Shofwatussu'ada di Krajan, Bumiayu
- Pondok Pesantren JAMSU Izzul Islami di Karang Turi,Bumiayu
- Pondok Pesantren Darunnajah Tegal Munding Pruwatan
- Pondok Pesantren An-Nuriyah
- Pondok Pesantren Matholi'ul Hikmah Penanjung Pruwatan